La première nichée de Cigogne noire a été baguée en Côte d’Or en 1995 dans le cadre du programme scientifique approuvé par le Muséum d’histoire naturelle de Paris. Au total, 123 nichées auront été baguées. En 2012, un article scientifique fera la synthèse de 16 ans de baguage.
Chaque année, quelques nichées sont baguées et depuis deux ans, la vingtaine de nichées baguées est atteint.
En 2012, le baguage a commencé les derniers jours de mai et se poursuivra jusqu’à fin juin pour les nichées les plus tardives.